بسیار پیش آمده است که این دو مورد را با یکدیگر اشتباه بگیرند. هر دو ویژگی های مشترک زیادی دارند و به همان اندازه تفاوت های بنیادی بسیاری نیز دارند. جالب اینجاست که با نگاه کردن به آنها نمی توان آنها را از یکدیگر تشخیص داد. آنها را می توان در مدل های مختلفی از ۶ پین گرفته تا ۸۰ و ۱۰۰ پین و حتی بالاتر بسته به ویژگی ها یشان به کار برد. حال به تفاوت میان اینها برگردیم. یک میکروپروسسور یک آی سی است که تنها دارای CPU درون خود است مانند پروسسورهای اینتل. این میکروپروسسورها دارای RAM، ROM و یا دیگر دستگاه های جانبی بر روی چیپ نیستند از همین رو یک طراح سیستم می بایست برای کارکردهای خاص خود آنها را به صورت خارجی اضافه کند. کاربرد میکرو پروسسور ها را می توان در پی سی ها، لپ تاپ ها و . . . مشاهده کرد. اما میکروکنترلرها این گونه نیستند. میکروکنترلرها دارای یک CPU، به همراه RAM و ROM و دیگر دستگاه های جانبی هستند که همه در یک چیپ جایگذاری شده اند. برخی آنها را کامپیوتری کوچک بر روی یک چیت تکی نیز می نامند.امروزه تولید کنندگان، میکروکنترلرهایی با رنج بالایی از ویژگی ها و در مدل های مختلفی تولید کرده اند همچون ATMEL, Microchip, TI, Freescale, Philips, Motorola و …
میکروکنترلرها برای انجام یک عملکرد خاص ساخته شده اند. منظور از عملکرد خاص این است که رابطه میان ورودی و خروجی کاملا تعریف شده است یعنی بسته به نوع ورودی پردازش انجام می شود و سپس خروجی حاصل می گردد مانند کیبورد، موس، ریموت، تلفن و …از آنجایی که آنها عملکرد خاصی را انجام می دهند نیاز به منابعی همچون RAM، ROM و پورت های I/O و … دارند و به همین دلیل آنها در یک چیت تکی گنجانده می شوند که این کار سبب کاهش اندازه و هزینه ها می شود.
میکروپروسسورها جایی به کار گرفته می شوند که کارکردها تعیین نشده باشند مانند توسعه نرم افزارها ، بازی ها، وب سایت ها و غیره. در این موارد رابطه میان ورودی و خروجی تعیین نشده است. همچنین آنها نیاز به مقادیر بالای RAM، ROM و پورت های I/O دارند.
سرعت پردازش میکروپروسسورها در مقایسه با میکروکنترلرها بسیار بالاتر هستند. برای نمونه سرعت پردازش میکروکنترلرها از مقادیر کم تا ۳۰ یا ۵۰ MHz است در حالیکه میکروپروسسورهای امروزی توان پردازشی، بالای ۱GHz دارند که به آنها توانایی اجرای کارهای پیچیده را می دهد.در مقایسه با یک میکروپروسسور، میکروکنترلر بسیار ارزان تر است. به هر حال میکروکنترلرها نمی توانند به جای میکروپروسسورها به کار گرفته شوند و استفاده از یک میکروپروسسور به جای میکروکنترلر نیز توصیه نمی شود زیرا هزینه محصول را بسیار بالا می برد.میکروپروسسورها به تنهایی نمی توانند مورد استفاده قرار گیرند آنها نیاز به ابزارهای دیگری همچون RAM، ROM ، بافر و پورت های I/O دارند و ازهمین روست که طراحی بر پایه میکروپروسسورها بسیار هزینه بر است.
